管理学院前身为我国最早成立的系统工程系和系统工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科学家钱学森专程到校考察系统工程本科专业学生培养工作，并在上海机械学院系统工程研究所成立大会上发表讲话。12月，学校与美国麻省理工学院斯隆管理学院正式签订校际合作协议，这是改革开放后上海市最早的中外合作办学项目。
1981年，学院与美国麻省理工学院斯隆管理学院等高校合作，开始举办全英文授课硕士班；1983年美国《华尔街日报》发表专题报道，认为“此举开创了中国MBA教育的先河”。
1992年5月系统工程系和系统工程研究所合并成立系统科学与系统工程学院，1999年5月更名为管理学院，2004年原上海医疗专科学校管理系划归管理学院，2005年1月22日，由中国科学院系统科学研究所和上海理工大学合作组建，并由钱学森同志亲自题词命名的“上海系统科学研究院”在学校挂牌。2006年1月与学校商学院合并重组成立新的管理学院。商学院始建于1988年，渊源可追溯到20世纪30年代的沪江大学城中区商学院，1997年商学院与原上海机械高等专科学校的管理系合并重组成立新的商学院，历代校友在商界建树颇多，影响遍及五洲。